Главными героинями этого мультсериала являются пять фей-учениц из школы магии Алфея, находящейся в волшебном мире Магикс, закрытом от обычных людей. Пять девушек: Блум — основательница клуба и принцесса на планете Домино, Стелла — принцесса планеты Солярия, меломанка Муза, милая и застенчивая Флора и интеллектуальная Текна. Во втором сезоне к ним присоединяется Лейла (в оригинале — Aisha, рус. Аиша), принцесса Андроса. В четвертом сезоне Винкс одной из значимых героинь является Рокси — принцесса земных фей, которой Винкс помогли поверить в волшебство и поступить в Алфею. Распространилось мнение, что Рокси вошла в состав клуба Винкс, хотя оно ошибочно.
У каждой феи есть свой парень и маленькая пикси. Бойфренды фей (кроме Набу, друга Лейлы, который является магом) — специалисты, которые прошли обучение в школе Красный Фонтан, а пикси — это крошечные феи, которые связаны волшебными узами со своими феями из Винкс. Особую симпатию Пикси вызвали в младших возрастных группах; Rainbow S.P.A. работают над мультсериалом, состоящего из 52 мини-серий по 13 минут, ориентированного для самого младшего возраста. В Италии проект «PopPixie» стартует в сентябре 2010 года.

Первый сезон

Блум, обычная девушка шестнадцати лет, спокойно живёт на Земле в городе Гардиния (располагается на территории Северной Америки). Блум с детства любила фей, и однажды встретила девушку в сверкающем костюме, на которую напали магические чудовища. У девушки оказались волшебные силы, и она отбивалась, как могла. Блум помогла ей, неожиданно для себя сумев отбросить монстров энергетической волной. Девушка очень устала после сражения, и Блум отвела её к себе домой. Волшебница рассказала Блум, что её зовут Стелла, и она — фея солнца и луны; помня произошедшее, она объясняет Блум, что та тоже является феей и рассказывает ей о школе для фей Алфее, где она учится. Стелла отвела её в мир Магикс и показала волшебную школу, где Блум решает остаться. В Алфее Блум и Стелла создают Клуб Винкс вместе со своими новыми подругами: Флорой, Музой и Текной.

Вскоре после начала обучения в Алфее они сталкиваются с ведьмами из Облачной Башни: Айси, Дарси и Сторми, которых феи прозвали Трикс. Трикс хотят заполучить великую силу Огня Дракона. Не подозревая, где действительно находится сила, они предполагают, что она заключена в волшебном кольце Стеллы. Они воруют кольцо, но вскоре понимают, что оно бесполезно для них. Винкс забирают кольцо назад. Однажды, когда Трикс схватили Музу, Блум в ярости высвобождает огромную энергию, и Трикс понимают, что сила Огня Дракона заключена в ней. Трикс всячески пытаются её заполучить, пока не берут в заложники приемных родителей Блум. Обманом ведьмы забирают себе Огонь Дракона.

Позднее Блум помогает вернуть свою силу дух её сестры Дафны. Блум узнаёт, что является принцессой планеты Домино, а сама её планета лишена жизни тремя древними ведьмами, и что её настоящие родители — это Орител и Марион — король и королева Домино. Когда Блум вновь обрела свою силу, Клуб Винкс побеждает Трикс в битве, когда те вознамерились подчинить себе волшебное измерение, и Трикс отправляют в монастырь Светлого Камня в перевоспитательных целях. Блум понимает, что является самой сильной феей в истории. Она начинает усиленно интересоваться своим прошлым. Пять девушек становятся очень сильной командой, выступающей против сил зла. В решениях сложностей им помогает директриса школы Фарагонда. Также к борьбе против сил зла присоединяются директор Красного Фонтана Саладин и директриса Облачной Башни Гриффин.

В течение сезона между девушками Винкс и парнями из школы Красный Фонтан формируются пары: Блум и Скай, Стелла и Брендон, Муза и Ривен, Текна и Тимми.

Второй сезон

Второй сезон начинается с появления новой феи — Лейлы. Лейла — принцесса с планеты Андрос, и её сила заключается в волшебном морфиксе — клейкой субстанции розового цвета. Она должна спасти группу пикси — миниатюрных феечек, которых держит в плену лорд Даркар. У неё есть своя феечка-пикси — Пифф, с которой её связывают так называемые волшебные узы, которые могут возникнуть между феей и пикси. Блум, Стелла, Скай, Брендон и Лейла отправляются на помощь пикси, и у каждой Винкс появляется своя феечка: у Блум — Локетт, у Стеллы — Амур, у Музы — Тьюн, у Текны — Диджит и у Флоры — Чатта.

Лорд Даркар освобождает Трикс из заточения в Светлом Камне для того, чтобы они служили ему. Он хочет получить волшебный кодекс, части которого спрятаны в школах магии и в поселении пикси. Блум продолжает глубоко интересоваться своей историей и своими настоящими родителями, в чём ей помогает новый преподаватель — профессор Авалон. Позднее оказалось, что первоначальный Авалон был не настоящим, а тёмным клоном, которого создал Даркар, а настоящий Авалон был у него в плену.

На протяжении этого сезона все Винкс получают силу Чармикса, которая делает их сильнее. Блум дважды попадает под тёмное колдовство Даркара, вынуждающее подчиняться ему. В последней битве с Даркаром Скаю удаётся вернуть прежнюю Блум, дав волю своим чувствам. Блум изливает всю свою ярость на Даркара и побеждает его вместе с Трикс.
В этом сезоне Флора находит свою пару — это Гелия, племянник Саладина, директора школы специалистов Красный Фонтан. Лейла становится одной из фей Клуба Винкс. Блум продолжает разгадывать тайны своего прошлого.

Третий сезон

В третьем сезоне Винкс находятся перед лицом нового очень сильного и опасного врага — Валтора. Валтор — древний маг, созданный тремя древними ведьмами из искры от пламени Великого Дракона. Валтор сражался против родителей Блум, но они из последних сил заключили его в измерении Омега. Валтору из Омеги помогают бежать Трикс, которые были брошены туда за их преступления.

В течение сезона Винкс получат окончательное превращение — силу Энчантикса. Феи Энчантикса также обладают волшебной пыльцой, с помощью которой можно снимать тёмные заклинания, в дальнейшим это им очень пригождается. Каждая из Винкс пошла на самоотверженную жертву ради кого-то, за это получив Энчантикс. Только Блум добилась получения Энчантикса усилием воли.

Блум узнаёт, что когда-то Валтор сражался с её родителями по приказу древних ведьм и обманом победил их. Позднее Валтора победила Команда Света, в состав которой помимо родителей Блум входили Фарагонда, Гриффин и Саладин. Гриффин изначально была на стороне Валтора, но затем перешла на правую сторону и стала директрисой школы ведьм.

Винкс отправляются за Водными Звёздами, сила которых противоположна Огню Дракона, и её можно использовать, чтобы победить Валтора. Каждой из трёх фей, решивших пройти лабиринт, чтобы получить Водные Звёзды, пришлось пожертвовать чем-то очень дорогим для себя. Валтор насылает на Магикс силу четырёх стихий и забирает себе Водные Звёзды. Но Блум удалось открыть Ларец Агадора, где Валтор держал все свои заклинания. Три Древние Ведьмы разочаровались в Валторе и отобрали навсегда его человеческое обличие. Блум победила Валтора в ментальной битве. Трикс снова схватили и отправили в Светлый Камень.

Также в этом сезоне Лейла находит свою пару — это Набу, волшебник, за которого родители собирались силой выдать её замуж, однако позднее она поняла, что сама любит его. Блум продолжает поиски своих настоящих родителей.

Четвёртый сезон

В четвёртом сезоне Винкс возвращаются в качестве преподавателей в школу Алфея. Директриса Фарагонда отводит в Зал Волшебства, куда могли зайти только самые выдающиеся личности. Она рассказывает Винкс о новой трансформации Беливикс, которая является более высокой формой развития Энчантикса. В дальнейшем Винкс открывают новые возможности в Беливиксе: Быстрикс, Зумикс и Трасикс. Блум идёт по коридору истории волшебного измерения и видит на стенах портреты злейших своих врагов: Древних ведьм, Трикс, лорда Даркара и Валтора. За портьерой она обнаруживает портрет четверых неизвестных злых магов.

Чуть позже возле Алфеи появляются те самые маги, которых зовут Огрон, Думан, Гантлос и Анаган. Они всю жизнь занимались охотой на фей Земли и теперь решили забрать последнюю земную фею. Они полагали, что это Блум, но тёмный портал отказался её принять, и они отправились в поисках феи на Землю. По заданию Фарагонды Винкс отправляются на нашу планету с целью защитить эту девушку, которая, как оказалось, живёт в Гардинии. Специалисты, тоже по заданию директрисы, тайно отправляются им помогать.

Чтобы поддерживать своё благосостояние на Земле, Винкс открывают магазин «Любовь и Звери», в котором дарят жителям Гардинии маленьких летающих зверьков, которых Флора придумала создавать из мягких игрушек, и продают предметы ухода за зверьками. Последнюю фею Земли зовут Рокси. Винкс приходится убеждать её в том, что она фея. Поверив им, Рокси помогает Винкс обрести силы Беливикса. Винкс получают новую силу, которая посредством веры людей в них помогает им бороться с магами Чёрного круга.

После победы над колдунами Винкс продолжили спокойную жизнь на Земле, начали заниматься пением и образовали рок-группу Винкс. Много испытаний пережили их отношения с парнями. Ослабленные маги, однако, вскоре вернулись и обманным путем втёрлись в доверие к Винкс. Винкс удаётся освободить фей Земли, однако те вместо благодарности предложили присоединиться к ним в борьбе с «предавшими их мир» людьми.

В дальнейшем Винкс получают от Эфирных фей так называемые Дары Судьбы: Софикс и Любовикс. Дары судьбы должны помочь Винкс в противостоянии обезумевшим от жажды мести феям Земли, которые начали терроризировать людей и превращать планету в дикие заросли. В конце концов Винкс удаётся утихомирить земных фей, а маги тем временем предстали перед судом Морганы — королевы земных фей. Они обманули всех и с помощью Чёрного круга напали на фей и открыли воронку, которая затягивала их внутрь. Набу пожертвовал собой ради победы над магами. Один из даров судьбы предусматривал однократную помощь умирающему, но Огрон взял его и применил на иссохший росток, из которого вырос цветок. Лейла в отчаянии заключила энергию Набу в этом цветке. В конце Лейла присоединилась к Небуле с целью отомстить магам. Моргана рассказывает Рокси, что та является её дочерью, принцессой земных фей. Колдуны скрываются в измерении Омега, и Винкс отправляются туда на помощь Лейле, однако колдуны сами погубили себя — они замерзли во льдах Омеги и упали в пропасть.
Мир на Земле восстановился, и, как ни привыкли они к жизни на этой планете, Винкс улетают в привычной форме Энчантикса обратно в Магикс.

События мультфильма разворачиваются после событий третьего сезона, когда Валтор побеждён, и магическое измерение вне опасности.

Голос диктора рассказывает о девочке, которая узнала, что она фея и принцесса: Блум. Её история волшебная, но она не закончена. История закончится только тогда, когда девочка сама создаст её окончание.

Действие переходит к шести героиням: Винкс. Блум и её подруги заняты поиском настоящих родителей Блум — короля Оритела и королевы Марион, что может навсегда изменить жизнь Блум. Девушки ищут Хагена — Мастера Сверкающей Стали, который когда-то выковал меч короля Оритела. Винкс успешно попадают в замок, но из-за беспечности Стеллы им приходится бороться с механической стражей Хагена. Блум выигрывает сражение с помощью Огня Дракона, разрушив источник их силы. Хаген угрожает Блум мечом в гневе из-за вступления Винкс в границы его замка, но Фарагонда прибывает вовремя, чтобы остановить его.

В Алфее Блум, Хаген и Фарагонда разговаривают в ее кабинете. Фарагонда объясняет Хагену, что некоторые феи покидают школу, чтобы завершить своё приключение и стать Феями-Хранительницами: все из Винкс, кроме Блум. Блум спросила Хагена, сможет ли он почувствовать меч, который он выковал для её отца, меч, который не может быть отдельно от его хозяина. Хаген заявил, что он искал меч в течение многих лет, чтобы найти её родителей, но не почувствовал его. Он поставил её перед фактом — её родителей не вернуть.

Блум, столкнувшись с открытием, убегает в слезах и избегает друзей. Она идет на вершину замка, где видит выпускной бал. Там она подружилась с маленьким котом, которого она назвала Рон. Говоря с ним и Кико, она объясняет, что она чувствует, что мир безрадостен, и нет больше надежды. Грустя, она видит, как ее подруги становятся Феями-Хранительницами — феями, которые готовы стать защитницами своего мира. Прошептав, что она их любит, Блум снова возвращается к печали. Приходит Скай и утешает ее.

Блум расстроена — теперь всё, что она и Винкс сделали до этого, больше не имеет значения. Однако Скай говорит ей: «Может быть, школа и закончилась, но жизнь продолжается». Ривен также говорит с Хагеном, спросив, зачем тот оставил Команду Света. Хаген объясняет, что у них всех внутри есть и свет и тьма, но темнота находится под замком. Этой ночью Блум и Скай танцуют у основания замка. Скай убеждает ее продолжить поиски родителей несмотря на слова Хагена. Прилетает корабль, и Скай вынужден улететь с таинственной девушкой. Уходя, он обещает всё объяснить и говорит, что никогда не оставит ее.

В своей комнате девочки решают вспомнить хорошие времена и устроить вечеринку вместе в последний раз. На следующее утро Блум отправляется на Землю, чтобы провести какое-то время со своими приемными родителями. Хотя она старается казаться счастливой, Майк чувствует, что Блум не доставляет радости жизнь на Земле. Ванесса соглашается, констатируя: «Это больше не ее мир». Однажды ночью Блум видит во сне, что случилось с ее родителями. Ее отца заключили в другом измерении, а ее мать абсорбировала себя в его меч, чтобы быть с ним. Тогда появляется Дафна и говорит Блум, что надежда всё еще есть; их родители до сих пор живы. Она дает ей свою маску, объяснив, что она поможет ей увидеть Домино таким, каким оно было до разрушения. Она также рассказывает ей о Книге Судьбы, принадлежавшей их отцу, которая хранит историю Домино. Дафна сообщает Блум месторасположение книги и исчезает со словами «Ты не одна».

Утром Блум удивляется, видя здесь всех своих друзей и Ская, прибывших, чтобы отпраздновать ее день рождения. Блум рассказывает им свой план, и все соглашаются помочь ей. Они отправляются на Домино, где Блум надевает маску Дафны и обнаруживает, что Домино было по-настоящему красивым местом. Группа направляется к горам, где находится Книга Судьбы, но Текна сообщает им, что легендарная птица, прозванная Птицей Рок, охраняет библиотеку. Парни поднимаются на гору, но благодаря действиям Ская и Ривена, Птица Рок пробуждается и взлетает вместе с парнями, держащимися изо всех сил.

Девушки бегут на корабль и умиротворяют птицу с помощью мелодии Музы, побудив ее приземлиться. В библиотеке они встречают Бартелби, летописца Оритела, в образе призрака, который показывает им Книгу Судьбы. Читая книгу, они обнаруживают, что Орител, как и все люди Домино, пойман в ловушку в измерении кошмаров Обсидиан. Блум понимает, что она должна отправиться туда, чтобы освободить их. Так как она хочет узнать больше, Бартелби позволяет перевернуть страницу, но она обнаруживает лишь бессвязные слова — будущее еще не написано.

Тем временем Ривена укусил шпион Мандрагоры, и он становится ее марионеткой. Вскоре Алфея подвергается нападению Мандрагоры, но Винкс, Мирта, учителя и Фарагонда останавливают ее. Блум просит Фарагонду, чтобы та рассказала ей больше об Обсидиане. Она узнаёт о его жестокой сущности, все кошмары мира находятся в нём. Перед отъездом Блум заглянула в Книгу судьбы и удивилась, видя, что свадебная фотография ее родителей превратилась в фотографию ее и Ская у алтаря. После того, как она отбросила книгу в изумлении, картинка меняется, теперь она показывает, как все восстанавливают школу, что вскоре становится реальностью.

Группа шествует к Поселению Пикси, где они входят в Дерево Порталов. Только Блум остается снаружи, так как ее сила Энчантикса еще не стабильна, поэтому она не может уменьшиться. Джоли вызывает взрыв в дереве, который приводит к тому, что ключи перемешиваются. Локетт находит правильный ключ, и все отправляются к воротам Обсидиана. Как только девочки вступают в измерение, появляется Мандрагора, и Ривен начинает сражаться со Скаем. Когда он собрался нанести удар Скаю, Муза подбегает к нему и получает ранение. Ривен видит то, что совершил и вспоминает всё, через что они прошли вместе. Он поднимает ее и говорит, что он теперь знает, за кого должен бороться — за нее.

В Обсидиане девочки сражаются против своих самых больших кошмаров и побеждают. Затем Блум видит каменную статую, похожую на ее отца. К ее ужасу, Древние Ведьмы говорят ей, что фигура и есть ее отец, заключенный в камне. Ведьмы вынуждают ее делать выбор: разрушить меч и спасти своих приемных родителей или взять меч и пойти на верную смерть, сражаясь с Мандрагорой. К счастью, Блум замечает в изображении, что ее отец не чихает, находясь рядом с котом Роном — у Майка аллергия на кошек — и понимает, что это уловка. Вскоре появляется Скай и берет меч, после чего теряет сознание. Блум думает, что он погиб, так как только король может взять этот меч.

Чувствуя себя совершенно одинокой, Блум готова сдаться, но тут появляется Дафна и напоминает ей, что она никогда не была одна. Блум надевает маску, и Дафна вместе с ней сражается против ведьм. Внезапно Скай поднимается и помогает разрушать измерение Обсидиана. Всё преображается, и люди принимают вновь человеческий облик, королева Марион возвращается, Домино снова становится прежним. Скай объяснил, что теперь он стал королем Эраклиона, и что его коронация была ночью, когда он был вынужден покинуть Блум в Алфее. Домино вернулся прежний облик, и Блум наконец воссоединяется со своими настоящими родителями. Орител и Марион обещают Блум, что всегда будут частью ее жизни. Майк и Ванесса — тоже, и Блум крепко обнимает их.

Орител начинает традиционный танец отца с дочерью, но позволяет Скаю танцевать с Блум. Танцуя группой, Ская крутят Брендон и Стелла, и Скай берет красивую сине-серебряную коробочку от Брендона. Отойдя, Скай показывает Блум бриллиантовое кольцо. Склонившись, он шепотом спрашивает у Блум, хочет ли она выйти за него замуж. Счастливее, чем когда-либо, Блум соглашается и целует его со всей искренностью.

Позже появляется Бартелби с Книгой Судьбы и говорит собравшимся, что пророчество теперь исполнено, и появилась новая Команда Света — это Винкс.

Так Блум получила полную силу Энчантикса — рискуя жизнью, она вернула из небытия свою планету.

Однако Три Древних Ведьмы не побеждены. Наоборот, теперь они освободились из заключения. Ведьмы объединились с давними противниками Винкс — это Айси, Дарси и Сторми.